夏休みも終わり、二学期がスタート！さくらのクラスにはイギリスからの転校生・柊沢エリオルがやってきた。なぜか、初めて会った気がしないと感じるさくらに、エリオルは、「生まれる前に会っているかもしれませんね。」と、ふしぎな言葉を残す。学校からの帰り道、さくら、知世の前で、小狼はごきげんななめ。エリオルとさくらが親しそうにしていたのが、おもしろくないようだ。そして、香港に帰る予定を変更し、まだ当分は日本にいるつもりだと言いだした。それを聞いたさくらは、「ほんと！？」とたちまち大はしゃぎ。

夕方、家に帰ったさくらがふと机を見ると、引き出しが白く光っている。びっくりして、なかにあったクロウカードを取りだすと、「これから、わたしがご迷惑をおかけすると思いますが、あなたなら絶対だいじょうぶですよ。」というクロウ・リードの声が聞こえてきた。そのとき感じたいつもと違う気配、そして友枝町だけに降り続く雨・・・。何かある、と感じたさくらは再びカードキャプターとして、ケロと知世とともに、雨空の下へと出かける。すると待っていたかのように、水の柱がさくらたちを襲ってきた。さくらはいつものように鍵を取りだして魔法で立ち向かおうとする。しかし、呪文を唱えても鍵は杖にならず、魔法を使うことができない！　さくらは「どうして？」ととまどうが、ケロは「この気配、まさか。」と何かに気がついて・・・。

夜が明けても、友枝町はあいかわらず雨。さくらは、鍵が杖に変わらなかったために、魔法が使えなかったことを小狼に打ち明けるが、小狼にもその理由はわからなかった。しかし、自分たちより強い力を持つ者が現れ、その人物が、ふしぎな出来事を引き起こしているのではないかと考える。

　夕方、雪兎がさくらの家にやってきた。ケロが「元の姿に戻れや、月。」と声をかけると、月が姿を現した。さくら、ケロ、月、知世は再び雨空の下へと出かけていく。すると、前の日と同じように水の柱がさくらめがけて飛んできた！月はさくらを守るが、水を追い払うことはできず、力つきてしまう。さくらは再び魔法を使おうとするが、鍵は杖にならず、「やっぱりダメ・・・。」とがっかり。みんなは竜巻のようになった水にのみこまれてしまう。が、さくらがみんなを助けたいと思う強い気持ちが、魔法の力をよみがえらせた！クロウ・リードの作ったものではない、新しい魔法陣が現れたのだ。さくらは、「星の力を秘めし鍵よ・・・。」という呪文を唱えはじめた。するとついに鍵が杖に変わった！さくらはカードにも「クロウの作りしカードよ。古き姿を捨て、生まれ変われ。新たな主、さくらの名のもとに。」と唱え、『火』でみんなを助けることに成功。降り続いた雨もやみ、事件は無事解決したが、満月の夜空にはさくらたちをじっと見つめる謎の黒い影が浮かんでいた。

　魔法を使ったあくる朝、さくらは眠くてしかたない。とうとう学校も休んでしまう。ケロは、さくらが眠くなるのは、杖といっしょにカードが新しくなったせいだと言う。「見てみい。」とケロが『火』のカードを取りだすと、絵柄が以前と変わっている。「この『火』はクロウカードをもとに、さくらが自分で作ったカードや。」とケロ。新しいカードはクロウの力を借りずにさくら一人で使うため、たくさんの力が必要になって、眠くなっていたのだ。

　すっかり元気になって登校したさくらは、きれいなピアノの音色を耳にする。音楽室へ行くと、エリオルがピアノを弾いていた。「ピアノ、じょうずなんだね。」とさくらは感心し、知世にエリオルの伴奏で歌ってと頼む。二人の演奏はみごとで、さくらは「すごい、すごい！」と拍手。でも、その直後にエリオルが触れたピアノの鍵盤があやしく光った。

 夕方、さくらと小狼が帰ろうとすると、音楽室から知世の悲鳴が！急いで駆けつけると、重いはずのピアノが勝手に動き、三人めがけて飛んできた。小狼がピアノに向かって魔法を使うと、いったんは動きが止まり、力を失ったように見えたが、知世が「もうだいじょうぶでしょうか？」と言うと、再び激しく動きだした。「まるでわたしが話すとやってくるみたいですわ。」という知世の言葉に、「そうか！！」とさくら。「知世ちゃん、手伝ってくれる？なんとかできるかも。」さくらの頭にある考えがひらめいた。

　利佳の作った、くまのぬいぐるみが、大評判。さくらは知世から、自分で作ったぬいぐるみに自分の名前をつけてプレゼントすると両思いになると聞き、手芸店へ向かう。そこで、さくらはぬいぐるみキットを買い、いっしょに来たエリオルは糸を買った。

　夜、さくらがぬいぐるみを縫っていると、クロウの気配が・・・。さくらは小狼、ケロ、知世とともに公園に向かう。ところがそこで、小狼がさくらに向かって刀を振りあげてきた！「李くん！？」「小僧、どないしたんや？」という問いかけに、小狼は「体が・・・。」と言うだけ。ケロは小狼が何かにあやつられているのに気づく。さくらはひょっとしてクロウのせいではないかと考えるが、クロウはすでに亡くなっているため、答えが見つからない。小狼はあやつられながらも、どうにか呪文を唱えると、体にからみつく糸が現れた！糸に気づいたさくらに「それを切るんや、さくら！」とケロ。さくらが『剣』で糸を切り払うと、小狼をあやつっていたふしぎな力もとだえてしまう。危ない場面は脱したが、確かにクロウの気配がした、とケロは思う。

　一方、「糸はこういうことにも使えるんですよ、さくらさん。」とつぶやく人物がいた。その声の主はエリオルで、彼が糸を使って小狼をあやつっていたのだ。そしてエリオルがルビー・ムーンとともに従えているスピネル・サンの言葉から、エリオルの前世がクロウだったことが明らかになるのだった！

　さくらはくまのぬいぐるみを作りはじめたが、なかなかうまくいかない。だが、エリオルに手伝ってもらい、かわいいくまができあがった。小狼もぬいぐるみを作っていたが、「なんで、こんなもの買ったんだ？」と自分でも不思議に思えてならない。そして雪兎に会ったときのドキドキする気持ちと、さくらを思うときの気持ちが同じであることに気づき、とまどってしまう。そこへ月が現れ、クロウの血を引く小狼が雪兎にひかれるのは、月の月の力にひかれているのだと説明する。そして「落ち着いておのれの心と向き合えば、真のおのれの思う者がわかる。」と言う。「それってどういう・・・。」と小狼がきき返すが、月は「あとは自分で考えろ。」と言うだけ。

　その日の夜、さくらは両思いの願いを込めたぬいぐるみを渡すため、雪兎の家を訪ねる。ところが雪兎に手渡したとたん、ぬいぐるみが、みるみるうちに大きくなってしまった！さくらは、くまをあやつっている魔力の源を断とうとするが、杖が変化する『翔』と『剣』が同時に使えないと気づいて、「お願い、まだ『剣』を使わなきゃいけないの。だから杖を使わずわたしを空に運んで。」と『翔』のカードに呼びかける。するとさくらの背中に羽が！新しい姿の『翔』を使い、さくらは『剣』でくまの魔力の源を切った。くまはもとの大きさにもどったが、なかからは魔法陣の描かれた一枚の紙が落ちてきた。「クロウカードを使っていたときの魔法陣・・・。どうなってるの？」

　カードを変えるのに魔力をたくさん使うため、さくらは授業中も眠くなってしかたない。教科書に出てきた羊もぼんやりして見える。知世は、さくらカードを使うのは大変だから、とさくらを元気づける。一方で雪兎も、いくら食べてもおなかいっぱいにならなかったり、すぐ眠くなってしまうのをふしぎに感じていた。桃矢はそんな雪兎に向かって「おれはおまえがいなくなるのはイヤだ。」と言うが、雪兎はなぜ桃矢がそんなことを言うのかわからない。夕方、月は木之元家を訪れ、ケロだけに「このままでは、いずれ、この姿にもどれなくなる。」と話す。月は誰かの魔力を源にするしかないのだが、さくらの魔力では足りないのだ。月が消えれば、仮の姿である雪兎も消えてしまう。「さくらの魔力があてにならんとなると。」と考えるケロに、月は「適任者はいる。しかし雪兎は・・・。」と謎めいた言葉を残す。

　夜、小狼からさくらに電話があった。公園の地面に、ぽっかりと大きな穴ができてしまったためだ。さくらはクロウの気配を感じとり、穴のなかへと降りていく。すると、穴はまるでふたをしたように閉ざされ、ケロも小狼も入ることができない。一人になったさくらの目の前に現れたのは、なぜかぬいぐるみ。「これ、教科書に載ってた羊さんによく似てる・・。」。羊は次々に落ちてきて、さくらを埋めつくしてしまう。いろいろ考えた末、さくらは『消』のカードを使って羊を消し、一件落着。無事、穴の外へでることができた。

　さくらが家で庭そうじをしていると、エリオルが通りかかった。エリオルは自転車を動かしたりして、さくらを手伝う。

　さくらが部屋にもどり、カードの本を取りだすと、さくらカードが自然に浮き上がり、さくらを取り囲んだ。しかし、クロウカードは本に残ったまま、冷たくなっている。何かにじゃまされて使えないせいで眠ったようになり、魔力が補給されないためだ。このままではただのカードになってしまうとケロから聞き、「そんなのダメ！」とさくらは、クロウカードを次々とさくらカードに変えてしまう。ところが『駆』の様子がおかしい。封印解除していないのに精霊の姿に変わってしまった。「どうなってるの！？」と言うさくらに「魔法が暴走したんや！」とケロが叫んだ。『駆』は窓から外へ飛びだすと、桃矢の自転車のほうへ。すると自転車がひとりでに走りだした！ケロは用がないのにカードを発動したせいで『駆』がパニックになっていると説明する。そして、「一日に何枚もさくらカードに変えるなんて、もってのほかや！！」と叱る。さくらは必死に『駆』を追いかけ、ようやく『風』で捕まえることができた。『駆』が無事、カードにもどるのを見届けると、「なんで友枝町にふしぎなことが起こるのか、どうしてクロウカードのままじゃ魔法が使えないのかわからないけど、わたし、カードが全部変えられるようにがんばる。」と、さくらはにっこりほほえんだ。

　亡き母、撫子の使っていたカレンダーが出てきた。カレンダーには家族みんなの誕生日が書きこまれていて、そのなかに〈おじいさまのお誕生日〉というのもあった。藤隆にそのことを話すと、藤隆はおじいさんには一度会ったきりだと言う。自分は、おじいさんが大事に思っていた撫子をさらった悪いやつだから、と藤隆はその理由を説明した。さくらは「お父さんは悪いやつじゃないよ！写真のお母さん、いつもしあわせそうだもん！」と言い、それをおじいさんにわかってもらいたい、と考える。そして、撫子と同じように、手作りのプレゼントにナデシコの花と手紙を添え、おじいさんに贈ることを思いついた。さくらはプレゼントを手作りし、桃矢に撫子の作った曲をオルガンで演奏してテープに録音してと頼む。しかし、夜遅いため、ナデシコの花が手に入らない。さくらは考えた末、ケロに相談し、『花』のカードでナデシコの花を出すことにする。『花』は暴走することなく、花を降らせると、カードにもどっていった。

　プレゼントの品もそろい、知世の母で撫子のいとこの園美が届けることに。「おじいちゃん、喜んでくれるといいなあ。」とさくらはワクワク。その後、プレゼントを受け取ったおじいさんから、お返しとしてかわいいドレスが送られてきた。それを着て、「おじいちゃん、わかってくれたのかなあ。お母さんもわたしも本当にしあわせだって。」と言うさくら。藤隆は笑顔で「ええ。」と答えた。

　さくらは『不思議の国のアリス』の本に夢中。舞台となるイギリスのようすをエリオルにきき、「行ってみたいなあ。」とあこがれていた。クラスでも読書週間を迎え、みんなが放課後には図書館へ。イギリスに住んでいたエリオルが、日本語の本の辞書なしで読んでいる。さくらが、どうして日本語が上手なのかとたずねると、「昔いろいろあったので・・・。」とエリオルは答えた。

　さくらはエリオルからもらった落ち葉を、しおりの代わりに本にはさんだ。ところが、それに触れたとたん、本のなかへと吸いこまれてしまう。ふと気がつくと、さくらは見知らぬ場所にいた。「もしかしてここ、本のなか？」というさくらに、「そのとおり。」という返事が・・・。「エリオルくん！？」と驚くと、「いいえ、ぼくはチェシャ猫で〜す。」とエリオルはおどけてみせる。なんとかここから外へ出なくちゃ、と考えこむさくらの目の前に、今度は雪兎が現れた。雪兎はうさぎのスタイルで「急がなきゃ、急がなきゃ。」と言い続けている。それから月、桃矢、知世たちが次々と『アリス』の登場人物になって現れた。そして、女王様としてチェスを楽しんでいたケルベロスが、さくらにじゃまをされたと思いこみ、怒って追いかけてきた。さくらは必死に逃げながらも出口を探そうとする。そして本のなかではチェシャ猫がいろんなことを知っていたのを思いだし、エリオルなら出口を知っているのでは、と考えるのだが・・・。

　さくらは藤隆のクリスマスプレゼントを買いにいくため、桃矢と待ち合わせの約束をする。学校でもエリオルが教会で演奏する聖歌をピアノで練習しており、クリスマスのムードがいっぱい。エリオルのピアノにさくらが「温かい感じがするね。」と言うと、エリオルは聖歌にはちょっとした感謝の気持ちが含まれているから、と説明した。そして人だけでなく、草花や水、風など身の回りのものすべてに感謝をこめて弾くつもり、とさくらに話す。放課後、強いクロウの気配がしたため、さくらは小狼とようすを見にいくことにした。そこで桃矢との買い物には、自分と同じ姿になれる『鏡』に行ってもらうことにする。さくらと小狼が公園に行くと、金属の手すりが突然ちぎれ、生き物のように動きながらさくらたちに向かってきた。手強い手すりにさくらたちは苦戦するが、『霧』で腐食させるとこなごなに崩れ、ようやくおさまった。

　新年を迎え、さくらと桃矢、藤隆は初詣に出かける。月峰神社へ行くと、そこには知世と園美も。さくらと知世がおみくじを引きにいくと、エリオルがおみくじを売っていた。知世の引いたおみくじは大吉だったが、さくらのおみくじには〈真実を探る手立ては初夢のなか〉と書かれているだけで、意味がよくわからない。帰っていくさくらを見送りながら、エリオルは「今夜、夢のなかでまたお会いしましょう。」とつぶやいた。

　お参りを済ませたさくらと知世は、小狼の家を訪ねることに。晴れ着姿の二人が急にやってきたので小狼はびっくり。偉と香港風のお菓子を出して、さくらたちをもてなした。

　その夜、さくらが眠りについた後、暗い部屋のなかでクロウカードと本と、昼間引いたおみくじが光はじめた。そして、一枚のカードが近づいてきて、さくらにふしぎな夢を見せる・・・。しばらくしてさくらはケロの声で目を覚ましたが、起きあがって手もとを見ると、そこには魔法の杖と『夢』のカードが。ケロはそれを見て、「もし『夢』がみせた夢やとしたら、ただの夢やない。どんな夢見たんや？」とたずねた。さくらは月峰神社の鳥居に、長いマントの男の子と、ほかに二つの影があったことを思いだす。「夢みたいに、あの人たちに出会うのかなあ、月峰神社で。」と言うさくらに、「おそらくそうなるやろな。」とケロ。おみくじの言葉が本当なら、さくらの初夢はどんな未来を暗示しているのだろうか・・・？

　室内プールにやってきたさくらたち。ひと泳ぎした後は、プールサイドにあるパーラーで、おいしいと評判のクリームソーダを注文した。話に夢中になっていたさくらが、ふとグラスを見ると、中身がからっぽに。こっそりついてきたケロが飲んでしまったのだ。さくらは、ものかげに隠れていたケロを発見。思わず、「ケロちゃん！」と大声を出して、周りの人たちをおどろかしてしまう。ヒヤ汗をかいたさくらは、ケロをロッカールームに連れていこうとするが・・・。そのとき、ゴォーというぶきみな音が聞こえ、びっくりするほど大きな波がプールに起こった！係員が、水からあがるようみんなに呼びかけるが、利佳だけがプールに取りのこされてしまった。水かさもどんどん増してきて、このままでは利佳があぶない。さくらはなんとか魔法で助けたいと考えるが、ケロに「ここで魔法使うたら誰に見られるかわからん！」と言われる。すると、知世がトンネルのような形のウォータースライダーを指さした。さくらはウォータースライダーのなかで魔法を使い、大波をしずめることに成功する。助かった利佳も、ほっとした表情を取りもどした。

　じつは、この謎の大波はエリオルが魔法で起こしていたもの。しかし彼は、もしさくらが魔法を使うのが遅くなっていたら、自分で大波をしずめるつもりでいたようだ。そんなエリオルに奈久留は、「なんでそんなめんどうなことしてるの？」とたずねる。エリオルは、「今にわかるよ。」とだけ、答えるのだった。

　さくらたちは学校のスキー旅行で雪山にやってきた。夜になると奈織子が「雪山の夜といえば、怪談だよね！」と言いだし、エリオルが怪談を話しはじめる。それは雪山の空が急に曇って雪が激しくなると、雪女が現れるという話だった。こわがりのさくらは、「ほえ〜つ！」と悲鳴を上げるが、奈織子はうれしそう。そのとき小狼が、「明日も早い。そろそろ寝ないと。」とひとこと。それをきっかけに、みんなは部屋へ引きあげることに。しかし、さくらはなかなか眠れず、部屋を出てホールのほうへ。するとそこには小狼がいた。さくらは、小狼がもう寝ようと言ってくれたおかげで自分の苦手な怪談が打ち切られたから、とお礼を言う。「おれは、別に・・・。」とそっけない小狼に、さくらは「小狼くんはいつも『別に』って言うけど、本当はそうじゃないんだよね。」とつけ加える。小狼が「なんでそうおもうんだ？」ときき返すと、さくらはすかさず「小狼くん、優しいもん。」と答えた。

　翌日、スキーが上達したさくらは、エリオルと中級者コースへ行くリフトに乗る。だんだん激しく降ってきた雪を見て、さくらは昨夜の雪女の怪談と似ている、とふと思う。リフトを降りてからも雪が激しくなるばかり。そして、ついになだれが起きてしまった！このままではみんながいるホテルもなだれに飲まれてしまうと考えたさくらは、魔法で雪をしずめようとする。まず、『時』で時間を止めて、次に『火』を使うつもりだったが、『時』を使ったところで、さくらは力つきてしまい・・・。

　桃矢のクラスで制作する映画に、さくらも出演することになった。撮影のため、なかまに着替えたさくらを、知世はもちろん監督の奈久留も「かわい〜い！」とほめまくる。さくらの出番が終わると、撮影は桃矢と雪兎が出演するラストシーンへ。本番直前、桃矢が、眠そうに目をこする雪兎を心配すると、「だいじょうぶだよ。」と笑顔の雪兎。だが本番に入ると、突然、意識をなくして、二階のバルコニーから落ちてしまう！桃矢がとっさに手をつかんで助けようとしたが、うまくいかず、雪兎はまっさかさま。さくらの魔法でケガはしなかったが、雪兎は倒れたままで目を覚まさない。ベッドに運ばれてようやく目をあけた雪兎に、桃矢は「おれはおまえが人間じゃないって知っている。だから隠さなくていいんだ。」と話しかける。すると、雪兎のなかから月が姿を現した。〈桃矢にだけは自分が人間でないことを知られたくない〉という雪兎の思いのために、これまで月は桃矢の前に姿を現せないでいたのだ。桃矢は月が力を補充できないせいで、消えかかっていたことにも気づいていた。そして、雪兎に消えてほしくないという気持ちから、月に自分の力を与えてしまう。一方、自分の力が足りないことで、雪兎と月が消えかかっていた事実を知って泣きだすさくら。しかし、自分の力を手放してまで雪兎と月を助けた桃矢の優しさや、さくらを悲しませまいとした月やケロの思いやりになぐさめられるのだった。