ゾーン・・・どうやらビックリマン２０００の世界は、ゾーンという単位で区分けされているようだ。各ゾーンには、ゾーン番号というものが割り当てられている。一応９９のゾーンがあるということになっているが、大凶魔１／１００が新しく大凶ゾーンを作ったこともあり、その時は１００のゾーンになった。第２５話では、各ゾーンが空間に浮かんでいるところが見られて、ゾーンというものがはっきりと見てとれる。第４８話では、カオス拡散計画による攻撃が激しくなり、カオスの支配力が増し、ゾーンが次々と壊滅していっているということが、クリア受神＆送神からゼウスに伝えられている。辛うじて残っているゾーンは、湯あみ天女が湯煙のシールドでカオスを防いでいるヘルスゾーン。そこも、第５０話で遅延僧に襲われ、さらに、カリスマデビルの魔理力によってカオス城の方へと引き寄せられる。全天使が立ち上がって悪魔達を倒すことに成功したが、そこへカリスマデビルが現れ、ヘルスゾーンも絶体絶命の危機に。しかし、第５２話でデビルが倒され、カオスが消滅したことで、飲み込まれたゾーンも全て復活したようである。

今までのゾーン集

• 六手（ろくで）の里近辺（ゾーン名不明・第１話〜第２話、第２１話、第５２話。第２１話ではタケルの夢の中で出てきた）
• （月（第２話・第５１話〜第５２話。第１話では六手の里に属していたが、第５１話では空を飛べるようになっていたので、ゾーンという区分には属さなくなった。））
• グリーンゾーン・１１番（第３話〜第４話）
• クリスタルゾーン・３番（第５話〜第７話・第５２話）
• ストライクゾーン・（第８話）
• スクールゾーン・９９番（第９話〜第１０話・第２２話・第５２話）
• 骨折りゾーン（第１１話〜第１３話・第５２話）
• 火炎ゾーン（第１４話〜第１５話）
• 天上キャッスル・７９番（第１６話〜第１７話・第５２話）
• ホワイトゾーン・番号不明（第１８話〜第２０話）
• マオマオの遊び場（夢の空間・ゾーンではないようだ）（第２１話）
• サファリゾーン・番号不明（第２３話）
• ヘルスゾーン・２６番（第２４話・第４８話・第５０〜５２話）
• 大凶ゾーン・１００番（第２５話〜第２６話）
• エナメルゾーン６４番（第２６話〜第２８話・第５２話）
• サマーゾーン・番号不明（第２９話・昔はウィンターゾーンであった・第５２話）
• トーサンダーが救った山間の村のあるゾーン・番号不明（第３０話）
• レッドゾーン・４９番（第３１話〜第３３話）
• ？（岩場のようなところ。ものの本をのぞき込んだタケルによれば、デンデロゾーン？）・番号不明（第３３話〜第３４話、第３５話もおそらくその辺りを飛んでいるのではないかと思われる。）
• ＯＢゾーン・１８番（第３３話で少しだけ登場。第４７話の最後にカオスに覆われている様子が見られる。第４８話、第４９話）
• リングゾーン・？番（第３６話）
• サンドゾーン・？番（第３７話）
• 熱帯ゾーン・？番（第３８話、第５２話）
• ？（シャーペン銀の里）・？番（第３９話）
• リゾートゾーン・？番（第４０話）
• ？（デビルウィルスが広まっている近辺のゾーン）・？番（第４１話）
• ？（三角形状の建造物が並ぶ遺跡のあるゾーン）・？番（第４２話）
• オフィスゾーン・？番（第４３話）
• ？（カオスの海に沈みかけた町のあるゾーン）・？番（第４４話）
• メカニカルゾーン・？番（第４５話）
• （番外編）ゾロイド達の暮らすゾーン（第４５話・まだないゾーンだが、ゾロイド達が、作ると決心していた。）
• （番外編）ウキウキゾーン・？番（第４６話）・・・ポーチの口から出たゾーンの名前。詳しくは、「ウキウキゾーン」の欄をご覧ください。
• ワナワナゾーン・？番（第４６話）
• アラクネの谷の有る場所（第４８話〜第４９話・ＯＢゾーンともとれるが・・・）